第二冊曲集內容方面和第一冊相同，分別以該調寫成的前奏曲與賦格曲當一組歸納成一個曲集，其中收錄了許多根據早時的草稿或作品改寫的樂曲。本曲集為巴哈晚年致力完成的鋼琴音樂。多采多姿的前奏曲，被視為晚年之作而具有高度音樂內容的作品。
【序】
第二冊曲集，在第一冊曲集出現後的二十二年，於一七四四年巴哈晚年所整理出來的。內容方面和第一冊相同，分別以該調寫成的前奏曲與賦格曲當一組歸納成一個曲集，其中收錄了許多根據早時的草稿或作品改寫的樂曲。有些最初的早稿，已經出現在柯登的初期，因此可以推測第二冊內，廣泛收錄了分散在初期、中期或後期的作品。同時，巴赫本人並不把這個第二冊稱做「平均律鍵盤曲集」，而只題爲「二十四首新的前奏曲與賊格曲」。可是由於兩冊的內容都相似，於是後世的人，也照第一冊的標題，去稱呼第二冊的這個曲集。在英國，甚至把這兩部合併起來，單稱「四十八首前奏曲與賦格曲」。
巴哈為了編訂第二冊的十二平均律，往往採用他以前的作品，再加以重編或移調而成。這一冊之所以難以校正，是因為只流傳下巴哈未編訂前的零星手稿（現存於倫敦的大英博物館），因此，相形之下，學生們所留下的抄本更顯得重要。其中最重要的有J. Ch. 阿拉特尼寇爾和J. Ph. 奇恩貝爾及其門人所留下來的抄本。這些手稿各有其獨特的手法，不過，雖然有很多不同的記譜方式，大體上均能保留巴哈原有的精神。所以其可靠性是無可置疑的。本版本大都採用後者的資料，只有在特別情況下才參考巴哈自己的原譜。如果一些記號和音符出現在部份手稿中，則以括號表示之。
目錄
1. J. S. BACH 巴哈 PRAELUDIUM I BWV 870 FUGA I A 3 VOCI
2. J. S. BACH 巴哈 PRAELUDIUM II BWV 871 FUGA II A 4 VOCI
3. J. S. BACH 巴哈 PRAELUDIUM III BWV 872 FUGA III A 3 VOCI
4. J. S. BACH 巴哈 PRAELUDIUM IV BWV 873 FUGA IV A 3 VOCI
5. J. S. BACH 巴哈 PRAELUDIUM V BWV 874 FUGA V A 4 VOCI
6. J. S. BACH 巴哈 PRAELUDIUM VI BWV 875 FUGA VI A 3 VOCI
7. J. S. BACH 巴哈 PRAELUDIUM VII BWV 876 FUGA VII A 4 VOCI
8. J. S. BACH 巴哈 PRAELUDIUM VIII BWV 877 FUGA VIII A 4 VOCI
9. J. S. BACH 巴哈 PRAELUDIUM IX BWV 878 FUGA IX A 4 VOCI
10. J. S. BACH 巴哈 PRAELUDIUM X BWV 879 FUGA X A 3 VOCI
11. J. S. BACH 巴哈 PRAELUDIUM XI BWV 880 FUGA XI A 3 VOCI
12. J. S. BACH 巴哈 PRAELUDIUM XII BWV 881 FUGA XII A 3 VOCI
13. J. S. BACH 巴哈 PRAELUDIUM XIII BWV 882 FUGA XIII A 3 VOCI
14. J. S. BACH 巴哈 PRAELUDIUM XIV BWV 883 FUGA XIV A 3 VOCI
15. J. S. BACH 巴哈 PRAELUDIUM XV BWV 884 FUGA XV A 3 VOCI
16. J. S. BACH 巴哈 PRAELUDIUM XVI BWV 885 FUGA XVI A 4 VOCI
17. J. S. BACH 巴哈 PRAELUDIUM XVII BWV 886 FUGA XVII A 4 VOCI
18. J. S. BACH 巴哈 PRAELUDIUM XVII BWV 887 FUGA XVII A 3 VOCI
19. J. S. BACH 巴哈 PRAELUDIUM XIX BWV 888 FUGA XIX A 3 VOCI
20. J. S. BACH 巴哈 PRAELUDIUM XX BWV 889 FUGA XX A 3 VOCI
21. J. S. BACH 巴哈 PRAELUDIUM XXI BWV 890 FUGA XXI A 3 VOCI
22. J. S. BACH 巴哈 PRAELUDIUM XXII BWV 891 FUGA XXII A 4 VOCI
23. J. S. BACH 巴哈 PRAELUDIUM XXIII BWV 892 FUGA XXIII A 4 VOCI
24. J. S. BACH 巴哈 PRAELUDIUM XXIV BWV 893 FUGA XXIV A 3 VOCI